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La génétique du rat dans une logique de sélection

Vos petites bases de la génétique bien en tête, nous allons ici passer à la pratique : la "logique" à suivre quand on désire se lancer dans la sélection, les trucs à savoir pour comprendre les "codes" des gènes de couleur, et comment on calcule le résultat possible d'un croisement. Et autant vous le dire de suite : ça va vous demander un minimum d'effort pour comprendre et pratiquer, mais ce n'est pas dur en soi quand on comprit le truc principale : les gènes sont portées en double par les parents et ils ne transmettent que l'un de deux de leur paire (ça vous dit rien? Et bien zou aller lire les "base de la génétique").


Les détails et mode de transmission détaillé pour chaque couleur sont vus dans la page "type de rat" dans les rubriques de chaque couleurs concernés.

Sommaire

Faire de la "reproduction"/faire de la "sélection", la différence.....

Que peut-on sélectionner? L'inné et l'acquis.....

La santé et le comportement, une responsabilité qui touche toutes les reproductions

J'ai un rat sympa, en bonne santé, et il est si beau que j'aimerais que ses petits lui ressemblent...

Comment on calcule les résultats de portée en fonction de la dominance des gènes?

Créer une lignée (ou plutôt une famille)

Les risques de la consanguinité

Comment on "lit" et comprend un code génétique?
C'est quoi les bases de couleurs, les couleurs composés, les dilutions etc.?

Exemple de calcul de portée

Faire de la "reproduction"/faire de la "sélection", la différence.....

La reproduction consiste à mettre deux individus de sexe opposé ensemble, de les laisser faire leur affaire, et de voir naître plein de petits individus divers et variés comme mère nature sait les faire (cela fait l'objet du chapitre reproduction des rats que je vous conseille dans tous les cas de lire).

Pour faire de la reproduction, il faut donc : deux rats de sexe opposé (sexuellement matures évidemment :o) ).

La sélection consiste à choisir les deux individus qui vont batifoler de façon à ce que les petits individus qui en résultent héritent de caractères précis (comportement, couleurs, marquages, etc...). Donc il faut : connaître les parents (et leurs ancêtres si possible), connaître la logique de transmission des caractères : sont-ils "dominant", "récessif", "codominant" (si ces termes ne vous disent rien allez lire les bases de la génétique avant toute chose), et avoir un BUT à atteindre (avoir des rats du même caractère, de même santé, de meilleure santé, obtenir une couleur particulière, etc..).

Pour faire de la sélection, il faut donc : deux rats de sexe opposé choisis pour les caractères génétiques qu'ils peuvent transmettre et un but.

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Que peut-on sélectionner? L'inné et l'acquis.....

Inné/Acquis?
Nous autres êtres vivants sommes composés d'un physique et d'une psyché. 
Physique est caractère sont issus du mélange de notre inné, ce avec quoi nous sommes nés (notre patrimoine génétique), et de notre acquis, ce que la vie a fait de nous (vécu et apprentissage). Les deux ne sont pas toujours facilement discernables. 
L'exemple facile : on peut être obèse parce qu'on a mal mangé toute sa vie, ou juste parce que c'était écrit dans notre patrimoine génétique. Et on peut être obèse aussi à cause d'une habile combinaison des deux problèmes.
Dans le cas des rats et de leur élevage : ça veut dire qu'il n'est pas toujours possible de savoir si un problème vient de la génétique du rat ou de ce qui compose sa vie (logement, nourriture, maladies qu'il va croiser, etc...). 

La sélection ne fait pas tout....
La sélection consiste à jouer sur l'inné uniquement, pour donner de bonne base à vos futurs ratouillots. Il faut donc l'accompagner de bonnes conditions d'élevage sinon ça ne sert à rien.  
L'exemple facile :
Mes parents sont fins et mangent normalement, mais moi je m'empiffre de bonbons et de glace devant la télé, donc même si j'avais de bonnes bases pour ne pas souffrir d'obésité, j'en souffre quand même.
Dans le cas des rats et de leur élevage :
Pour être un bon éleveur, il faut donc sélectionner de bons gènes, pour doter vos ratoux du meilleur inné, mais aussi assurer aux rats des conditions de vie optimales pour leur offrir le meilleur acquis possible.

L'inné sur lequel va jouer la sélection :
Il est bien sûr impossible de connaître tout le patrimoine génétique de vos rats. Votre sélection va donc se faire à partir d'informations connues et/ou visibles. On ne maîtrise jamais tout, mais quand on choisit un rat, on essaie de faire le mieux possible en fonction de : 

- les informations sur sa santé

Une partie de la sensibilité aux maladies et de nos faiblesses est inscrite dans nos gènes. Ainsi certains rats attraperont plus ou moins facilement les trucs qui traînent, ou peuvent avoir une tendance plus marquée pour les tumeurs, les abcès, les problèmes de peau, etc. Il est donc indispensable de choisir des "reproducteurs" qui ne présentent pas de défauts potentiellement héréditaires. 
En la matière on est bien sûr limité par la difficulté à différencier l'inné de l'acquis. Comment savoir si ce rat a fait un abcès parce qu'il a croisé une mauvaise bactérie ou parce qu'il a une facilité à transformer toute blessure en abcès? L'idéal est donc de bien suivre la vie de vos rats et de leurs descendants pour déterminer si certains problèmes sont récurrents dans leur famille : faiblesse aux maladies respiratoires, problèmes cardiaques fréquents, type de cancer particulier, etc... 
Pour reprendre l'exemple "facile", je suis obèse, mon père aussi, ma sœur aussi, ma mère le serait si elle mangeait plus qu'une feuille de salade par jour... et nous n'avons pourtant pas les mêmes vies, donc pas les mêmes habitudes alimentaires, la même activité physique, etc... On peut donc conclure que la famille a une tendance forte à l'obésité ou une forte attirance génétique pour le sucré et le gras - par contre si vivant au milieu d'une famille de personnes fines, peu portées sur le manger et actives, que je suis la seule à manger des kilos de bonbons et que je suis grosse, pas la peine de trop chercher du coté de la génétique.
- les informations sur son comportement
Le caractère a une composante génétique, notamment pour tout ce qui est tendance à la nervosité, à l'agressivité "hormonale", etc... Donc pareil, toujours choisir deux parents ayant un très bon caractère, et de préférence pour les rats mâles attendre que la période de l'adolescence soit passée (au moins 8 mois, donc). Ce choix concernant la mère joue également sur l'acquis, car c'est elle qui apprendra aux petits comment appréhender le monde extérieur, les humains, etc..
- les informations sur l'aspect du rat (si on veut aussi faire une sélection sur l'aspect futur des petits)
Type de poils (lisse, frisé, nu....), couleur du poil (agouti, noir, etc..), marquages dans le poil (rat bicolore, husky, capé, etc..), couleur des yeux (noir, rubis, rouge, etc.. lié à la couleur du poil), forme du corps (oreilles dumbo, ou pourquoi pas tête ronde, nez long, etc...). Toutes ses informations sont dans les gènes des rats. Et là, magique, même si tout n'est pas bien connu, c'est un domaine où il y a des quasi-certitudes et où donc il est possible de maîtriser un peu les choses! Pour ce faire les informations complémentaires à cette page pour identifier l'aspect du rat, les gènes en jeu et leur mode de transmission sont dans "Type de rat".

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La santé et le comportement, une responsabilité qui touche toutes les reproductions

La plupart des gens qui décident de faire une portée veulent juste : "avoir des descendants de leur rattou d'amour", "voir une fois des rattouillots évoluer", "juste obtenir des gentils rattouillots à distribuer aux copains", etc.... pas de critères d'aspect donc.
C'est votre cas? Et bien même si vous voulez "juste" des petits, je pense qu'il y a quand même deux points qui vous sembleront importants : la santé et le futur comportement des ratouillots. Si cela ne vous semble pas important, alors on a plus grand chose à se dire vous et moi...

Vous voici donc avec un BUT : une bonne santé et un bon caractère. Il va falloir faire de la sélection! 
* Vous n'avez qu'un rat et/ou qu'une ratte? A vous de juger s'il est judicieux de les faire reproduire, ou non. 
* Vous en avez plusieurs? A vous de choisir le meilleur couple possible.

Pour toute reproduction, il faut toujours que les deux parents aient un bon caractère et une santé de fer. Il est impératif de respecter cette règle pour vous même (c'est plus sympa des rats qui ne vous claquent pas dans les mains au bout de deux mois, non?), et pour la population de rats domestiques en général. Les petits qui viennent de votre portée seront peut être amenés à se reproduire à leur tour, et ainsi de suite. Donc une mauvaise portée peut répandre toute une série de faiblesses chez les rats domestiques. Lourde responsabilité à laquelle vous devez réfléchir avant de faire faire des petits à votre rat.

Pas convaincu? On va faire un petit calcul et après je vous laisse tranquille avec mes histoires : votre ratte est votre chérie, mais elle a tendance à faire des abcès à répétition, le rat de votre copine est son chéri, mais il a tendance à mordre tout ce qui bouge les jours où sa le prend. Vous vous foutez de conséquences vous avez envie d'avoir des petits, et votre copine sado-maso veut avoir un fils de son rat qui lui ressemble (si si, ça existe).
Le mariage se fait, et 10 petits naissent de cette union. Vous en gardez une et vous continuez à vider du pus pour deux ans de plus, et votre copine garde un petit male et continue à se faire mordre pour deux ans de plus. Voila toute la conséquence de l'aventure pour vous. 
Mais voila, il y a 8 personnes qui vous ont pris des petits! Déjà ils vont pas vous louper en compliments pour les délicieux rattoux qu'il faut vider de leur pus en se faisant mordre... Mais il s'avére que l'un d'entre eux est aussi malin que vous, et propose son male à la reproduction dans le coin..... Il lui trouve deux fiancées, et hop 20 petits de plus dans votre ville qui font des abcès et qui mordent! Et chacun d'eux peut encore se multiplier et ainsi de suite..... Très rapidement c'est toute la population de rats de votre région qui va suppurer et mordre, ou pire comme tout les rats ne vont pas déclarer les symptômes : quelqu'un qui a eu la chance de tomber sur un sympa et sain, va se retrouver avec une portée de psychopathes suppureurs, alors que lui a été aussi sérieux que possible dans son choix de parents. 
Allons, soyez franc, vous avez pas envie d'être le début de la chaîne? Et pensez que même si finalement votre portée est adorable, ben leur descendant ne le seront sûrement pas. Et quand vous allez enfin chercher des reproducteurs sains, parce que c'est fatigant à la longue, vous vous retrouverez à votre tour avec les descendants psychopathes suppureurs...

Bon avec ça du coup, vous vous dites que si ça se trouve votre ratte en superbe santé et son copain gros rattou sympa sont des bombes à retardement qui vont vous faire une portée de malades.... Et bien oui, c'est possible. Ca fait partie des risques de faire de la reproduction. Mais ce risque est d'autant plus faible que les deux parents sont sains (si un a des gènes récessifs mauvais, les gènes de l'autre seront là pour compenser), et que vous connaissez les origines des parents.
C'est là tout l'intérêt de connaître aussi les grands parents, voire même connaître un peu l'ensemble de la lignée. Vous serez plus tranquille...

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J'ai un rat sympa, en bonne santé et très beau, j'aimerais que ses petits lui ressemblent...

Vous voici donc avec un but supplémentaire : trouver un partenaire qui permettra la transmission des caractères d'aspect à votre portée. 

Première étape : Identifiez le type de votre rat
Votre sélection santé/caractère toujours en tête dans le choix du partenaire, vous allez devoir vous atteler à la sélection "aspect". La première démarche est d'identifier le type de votre rat. Est-il siamois, noir, husky, dumbo, etc..... (-voir rubrique Types de rats-). Dans tous les cas avoir une description détaillée est nécessaire pour trouver son âme sœur. Ainsi passer une annonce : "cherche mâle siamois bonne santé/bon caractère", c'est plus efficace que: "cherche un rat male de couleur crème je crois, qui doit avoir si je me trompe pas une trace peut être marron sur le museau et sur les fesses". Si en plus vous connaissez le type des parents du rat, vous pourrez savoir s'il porte des gènes d'aspects récessifs que vous ne voyez pas (mais qui pourrons s'exprimer plus tard si vous mettez le bon rat en face).
Bien sûr il a le droit de ne rentrer dans aucune catégorie, ou ça peut être juste son minois d'amour que vous voulez retrouver. Maintenant, réussir à sélectionner un rat hors-type ou juste une forme de tête c'est très très dur, il s'agit de création de lignée (voir plus bas) et ça ne s'applique que difficilement à l'échelle d'une seule portée (mais les coups de chances sont permis!).
Quand vous savez le type de votre rat, vous savez quels sont ses gènes d'aspects, et donc quel gènes vous allez devoir mettre en face pour obtenir : la même chose, ou une combinaison à partir de ce que vous avez.
Exemple : vous avez un rat agouti et vous savez qu'il porte le gène mink. Vous pouvez soit essayer d'avoir des petits agoutis, soit essayer d'avoir des petits cannelles -combinaison de l'agouti avec deux gènes minks-, soit obtenir une portée avec les deux.

Deuxième étape : choisir le partenaire en fonction du type de votre rat et du type de bébés désirés

Obtenir le même type : Trouver un rat identique
Le plus simple consiste à trouver un rat "identique" : votre ratte est siamoise, il lui faut un male siamois. Cette logique vous garantit (dans la plupart des cas) d'avoir des ratouillots siamois. Ca marche pour tous les caractères, qu'ils soient dominants, récessifs, ou codominants. C'est également la seule façon de tenter de reproduire un rat hors-type, ou une forme de tête. Les portées dans ce cas là sont généralement assez uniformes mais bon il peut y avoir des surprises, voir des déceptions si le partenaire n'est finalement pas identique au point de vue génétique (ou si le dieu des statistiques est contre vous). Ainsi, notamment avec les couleurs crèmes difficiles à identifier, il arrive de ne pas avoir du tout la couleur prévue!
Attention toutefois, dans certains cas (rats nus, combinaisons de bleus), un rat identique sera très souvent un parent proche sur le plan génétique (mêmes ancêtres).

Obtenir le même type : Trouver un "porteur" du caractère 
Malheureusement personne n'a de rat identique dans votre entourage, il vous faut donc faire avec. Déjà, oubliez la perspective d'obtenir une portée uniforme. Dans la plupart des cas, vous aurez une partie des petits comme désiré, et une autre qui n'aura rien à voir!
Ici, toute la difficulté est de savoir si ce que vous désirez transmettre est dominant, ou codominant ou récessif : 
Si c'est dominant, n'importe quel autre rat fait l'affaire, vous obtiendrez normalement une bonne partie de la portée identique. Exemple : le gène rex du poil frisé - croisez un rat rex avec un rat lisse vous aurez une partie des petits en rex.
Si c'est codominant il faudra trouver un rat qui a des caractères "compatibles" avec celui recherché. Exemple du siamois : un rat siamois mit avec un rat albinos vous donnera des himalayens. Un rat siamois avec un rat himalayen vous donnera une partie de siamois, une partie d'himalayen.
Si c'est récessif il vous faut obligatoirement au moins un porteur : c'est a dire un rat qui a le gène du caractère voulu mais ne l'exprime pas. Exemple : vous avez un rat bleu, il faudra une ratte dont une des parents est bleu pour avoir une partie de petit bleu dans la portée.

Obtenir une combinaison : Trouver un porteur du caractère
Votre but est de combiner la couleur de votre rat avec une autre. Déjà il faut connaître les combinaisons possibles, et être sur que votre rat porte les bons gènes. Dans l'exemple du cannelle, si votre rat agouti n'a pas de parents mink (ou cannelle) vous n'aurez pas de bébés cannelles, même si vous le croisez avec un mink ou un cannelle. Par contre si votre rat est agouti et a un parent mink, il suffit de le croiser soit avec un rat dont un de parent est mink, soit un rat mink, soit un rat cannelle, pour obtenir une partie de cannelle dans la portée.

Vous voici avec la démarche à suivre, pour vos petits calculs, lisez la suite!

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Comment on calcule les résultats de portée en fonction de la dominance des gènes?

Je part ici du principe que vous avez bien en tête les notions de bases de la génétique, si c'est pas la cas, ben allez les lire!!, c'est ici que ça va servir!

Pour avoir une idée des futurs génotypes des petits vous devez :
01. Avoir une idée de celui des parents (cf rubrique ci dessus)
02. Imaginer les gamètes possibles des parents
03. Faire un tableau pour conclure aux petits possibles, et au pourcentage que chaque type représentera.

Autant se faire une raison de suite, cela n'est réalisable qu'avec les gènes simples. Avec les gènes complexes, ça devient des calculs d'autant plus complexes qu'on n'a même pas les données pour les commencer :0). Maintenant, pas de larmes, la plupart des gènes qui nous intéressent pour la couleur se comportent en gènes simples, alors on peut quand même calculer facilement pas mal de trucs. 

01. Déterminer ce que portent les parents
Si vous avez un peu suivi la page sur les notions de base de la génétique et celle-ci, vous devez savoir que même si votre rat est d'un type bien défini, il peut avoir des gènes pour d'autres. On dit qu'il est "porteur" de ces autres gènes. Certains types peuvent correspondre à plusieurs génotypes différents, attention. Si on connaît son ascendance, on peut avoir une idée de ce qu'il transporte, si ce n'est pas le cas ben il reste les suppositions (et dans tous les cas il peut y avoir des surprises) :

Le reproducteur vient d'une lignée "pure" : une lignée pure est une famille d'un type qui est élevée pour ce type depuis longtemps en consanguin, donc on sait que le petit qui en vient est porteur que de ce type et c'est tout. Il est (théoriquement) homozygote donc pas de question à se poser. Ce genre de lignée n'est pas courante dans les rats domestiques que vous trouverez en France, c'est donc un cas purement théorique. Par contre c'est la norme dans la méthode d'élevage "en lignée"
Exemple : votre rat noir vient d'une famille de noirs depuis toujours, donc il ne porte normalement rien d'autre que le noir.

On connaît les parents du reproducteur : ici, même si il est hétérozygote, ben vous pouvez en partie déduire ce qu'il porte d'après ses parents. Les frères et soeurs peuvent aussi aider, même s'ils n'apportent aucune garantie.
Exemple : mon rat est noir mais un de ses parents est bleu, je peut donc conclure qu'il porte un gène bleu. 
Si les deux parents sont noirs mais qu'il a un frère bleu, alors les parents étaient obligatoirement tous les deux porteurs bleu. Donc mon rat a statistiquement deux chances sur trois d'être porteur bleu (en réalité 2/4 d'être porteur, 1/4 d'être bleu, 1/4 de ne rien porter, mais puisqu'il n'est pas bleu, il reste 2 chances sur 3)

Aucune idée des origines du rat : Toutes les surprises sont possibles, vous ne pouvez connaître que le type visible du rat. S'il a un type plutôt dominant, il est soit homozygote, soit hétérozygote du type dominant. Exemple : mon rat est agouti, il a donc soit un soit deux gènes agoutis. S'il a un type plutôt dominé il est homozygote (sinon le type ne s'exprimerait pas!). Exemple : mon rat est dumbo, donc je suis sur qu'il est homozygote dumbo. Attention au piège : l'albinos est un caractère récessif, mais en homozygote il masque tout le reste. Donc quand votre rat est albinos vous savez qu'il a deux gènes "albinos" mais il peut avoir tout et n'importe quoi caché derrière, il peut quand même être agouti (sur le plan génétique), par exemple! Vous n'aurez plus d'informations qu'en fonction du résultat sur les petits! 
Maintenant restons raisonnables dans nos suppositions! Même si toute les surprises sont possibles, quand vous ne connaissez pas les parents et que votre rat est noir ou agouti vous avez peu de chances d'obtenir des bleus en le croisant avec un bleu.

Vous n'avez rien compris? Alors hop le schéma qui sauve! Pour l'appliquer à votre cas, il suffit de remplacer tout caractère dominant par le marron, et tout caractère récessif par le blanc. C'est un peu simpliste car il y a rarement un simple 1 ou 2 dans le résultat d'une couleur (et encore moins d'un marquage), mais si vous oubliez la couleur du rat sur le schéma pour ne retenir que "pastille marron = gène dominant" et "pastille bleu = gène dominé" ça marchera.

  

02 Imaginer les gamètes
Non non, je vous demande pas de visualiser les petits spermatozoïdes, mais leur contenu. A partir du patrimoine des parents, et riche de vos connaissances sur la division et la transmission de l'ADN (lire la section génétique de base), vous devez penser aux différentes possibilités de gènes transmis. Là, même pas la peine d'essayer d'expliquer, c'est le schéma qui sauvera tout!

Et ze winner is.......
Armé de vos gamètes venant de la mère et du père, vous faites un zoli tableau, et sachant que chaque gène a les mêmes chances d'aboutir dans un petit vous en concluez le résultat en pourcentage :0). Là encore oubliez les couleurs du schéma pour ne retenir que "pastille marron = gène dominant" et "pastille bleu = gène dominé", remplacez "marron" et "blanc" par le caractère qui vous intéresse et vous aurez automatiquement le résultat.
Par exemple : disons que le marron veut dire "rat à oreilles normales" (les oreilles normales sont un caractère dominant) et le blanc "rat à oreille dumbo" (le dumbo est un caractère récessif). Vous verrez dans ce tableau que la seule façon d'avoir des dumbos c'est de croiser deux rats dumbos pour avoir 100% de dumbo, ou un rat dumbo et un rat normal qui porte le gène pour avoir 50% de dumbo, ou deux rats portant le gène dumbo pour avoir 25% de dumbo.

 

Maintenant, ces résultats ne sont que des probabilités. Ils ne vous donnent qu'une idée approximative. Deux portées de mêmes parents ne vous donneront donc pas exactement les mêmes proportions de chaque.
Enfin, ici il n'est question que d'un gène simple, alors imaginez la loterie et les calculs, sachant que des gènes, y'en a des milliers!! 
Pour faire vos calculs couleurs vous pourrez trouvez sur le net des calculateurs génétiques où en rentrant la couleur des parents et les gènes dont ils sont porteurs vous obtenez les pourcentages de types de petits. Ils sont très intéressants pour comprendre le mécanisme mais ils ne feront pas tout pour vous, et ils comportent souvent des erreurs (et il faut être capable de remplir correctement les cases!). Il reste donc intéressant de savoir faire au moins un calcul simple par soi même.

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Créer une lignée (ou plutôt une famille)

Créer une lignée est un travail de longue haleine... Il faut pour cela se fixer un objectif, genre "créer une lignée de rats agouti hooded rex". L'objectif est donc d'élever une famille de rats sur plusieurs générations de façon à obtenir une majorité, puis seulement des rats agouti hooded rex.
C'est la théorie. En pratique dans le cadre d'une ratterie familiale et avec les rats dont nous disposons en domestique il est difficile d'obtenir des "lignées pures" durables sans prendre de gros risques niveau consanguinité. Ce sera sûrement possible plus tard, mais pour le moment l'idéal est de s'en tenir à la première étape pour obtenir des familles avec des ascendants connus (donc plusieurs générations entièrement connues, pas juste une ligne parentale connue où on ajoute à chaque fois du sang inconnu!) tout en s'arrangeant pour conserver le type recherché, et de limiter la consanguinité à une consanguinité éloignée (au moins deux générations en arrière). Quand on aura un pool de rat à ascendance connue suffisant, il sera possible de penser à la création de vrai lignée. 

Si on veut faire une famille de type courant
Si de nombreuses familles du type désiré existent déjà il suffit de se fournir en reproducteurs dans ces dernières, en veillant à prendre des rats d'origines multiples, et de faire reproduire tout ça intelligemment. Il suffit alors de veiller à faire régulièrement entrer du sang neuf dans la lignée. Il est cependant sain, surtout sur des types "faibles" comme le bleu de faire régulièrement des portées de "porteurs" (voir  ci-dessus) pour renforcer le sang. Cette action permet de participer à son échelle à la création de familles différentes et saines pour chaque types. 
 

Si on veut élever un type particulier, ou créer un type
Si peu de rats de ce type existent, il faut commencer par faire des portées qui doivent vous fournir les reproducteurs de départ (donc créer les familles), et continuer à en faire pour alimenter en sang neuf au fur et à mesure. Quand c'est un type très rare, voire complètement nouveau, il est assez difficile d'arriver à en faire plusieurs famille et un peu de consanguinité s'impose (beaucoup au début, moins après).
Je rappelle au passage qu'on peut élever une lignée de rat sans rapport avec sa couleur, mais plutôt pour une forme de tête ou un caractère particulier, mais là il faut vraiment pouvoir faire un suivi à long terme des adultes issus de vos portées.
 

Un grand nombre de portées
Vous voyez donc le premier grand point que soulève la création et le suivi d'une famille et pire d'une vraie lignée : il faut faire beaucoup de portées et avoir beaucoup de rats! Il faut donc trouver des solutions pour allier la continuité de vos familles de rattou avec vos possibilités d'hébergements, le temps à consacrer à vos rats et aux petits, et votre éthique. La première et meilleure façon est de savoir placer vos animaux avant vos ambitions en matière de portées... Donc savoir adapter son rythme de portées à l'évolution démographique des rattous chez vous pas à vos envies, et s'arrêter avant d'être surpeuplés! L'idéal pour limiter les portées nécessaires est de pouvoir s'arranger avec d'autres éleveurs amateurs pour mener conjointement les portées et le suivi (par exemple vous n'êtes pas obligés de faire reproduire tout vos mâles intéressants chez vous, ils peuvent faire des saillies extérieures, vous récupérez leur descendance en adoptant). La gestion d'une ratterie, des portées, etc... fait l'objet d'un article plus complet : "Se lancer dans l'élevage?", je ne vais donc pas tout redétailler ici, le point à retenir c'est que pour faire des familles saines il faut beaucoup de portées, et d'autant plus si le type n'est pas fréquent.
 

la consanguinité
Le deuxième grand point de la lignée est le problème de la consanguinité. Quand un type de rat est rare, on est souvent pas nombreux à l'élever régulièrement dans le cadre d'une famille ou d'une lignée, et la plupart des gens qui en ont un rat de ce type l'ont eu directement chez vous, ou via votre famille de rattous. On peut donc être très vite confronté à la pénurie de sang nouveau, et là soit la lignée s'arrête, soit il faut refaire des portées extérieures à la lignée qui donnent des reproducteurs qui peuvent y entrer. Et ça fait encore plus de portées à faire... Un minimum de consanguinité est malheureusement nécessaire dans la création ou le développement d'un type rare, mais il faut savoir ne pas en abuser. Je reviens sur les problèmes de consanguinité dans la rubrique suivante.
Enfin, pour ne pas risquer de retomber sur sa propre lignée en recherchant de nouveaux reproducteurs, et également pour suivre l'évolution des rats d'une famille pour d'éventuelles modifications (tendance à la petite taille, à l'agressivité, etc...), il est nécessaire d'assurer un certain suivi du devenir de vos ratoux. Ce n'est pas toujours possible, certains adoptants ne prenant pas la peine de vous communiquer des nouvelles, mais la plupart le font. C'est aussi une bonne façon de récupérer sa famille si un incident la brise (genre un accouchement qui se passe mal, et hop vous perdez votre principale reproductrice).

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Les risques de la consanguinité

Ah, le risque de la consanguinité..... Pour le comprendre il faut d'abord intégrer que toute la force d'une espèce est la variété de son génotype. Il lui permet de pouvoir évoluer, de trouver des ressources face à une maladie ou un changement de milieu (le truc sur le rat blanc dans les bases de la génétique). Pour entretenir cette diversité, il faut qu'il y ait beaucoup de brassage dans la population. Ainsi, toutes les combinaisons possibles de gènes se créent, et sont démultipliées par les mutations possibles lors de la duplication de l'ADN.
Quand une combinaison n'est pas bonne, elle a peu de chances de se répandre si elle est dominante (car les individus mal foutus se reproduisent peu ou pas), et si elle est récessive la présence des autres gènes la masque (car nous avons tout en double!!!). Donc dans la nature si un gène mute et entraîne une faiblesse, son "jumeau" de la paire de chromosome le compense. Les animaux qui héritent de cette faiblesse n'en sont donc que porteur, or si on croise deux porteurs.... on obtient 25% d'individus homozygotes qui exprime cette faiblesse! Si c'est une incapacité à respirer ben le problème est vite "réglé" mais si s'agit par exemple de la sensibilité à une maladie, ces individus vont vivre et se reproduire tant qu'il ne l'attraperont pas. On aura donc une population de rat qui ont ou portent la faiblesse.
Donc plus le nombre d'individu d'une population est faible, plus les croisements sont consanguins, plus les faiblesses apparaissent. En dessous d'un certain nombre d'individus, variable selon chaque espèce, l'espèce est condamnée à disparaître.

Concrètement en élevage de rat (et oui c'est quand même le sujet) ça donne quoi? Le rat est une espèce peu sensible à la consanguinité. Une expérience scientifique a montré qu'on pouvait croiser sept générations de frères et sœurs avant de voir apparaître un problème. Mais cette expérience se déroulait avec des rats sauvages. 
Les rats domestiques constituent une population limitée dans laquelle la sélection naturelle n'a plus cours pour éliminer les faibles
, et pire que tout ce sont les descendants de rats de laboratoire, qui ont été sélectionnés pour certaines faiblesses, dont celle pour le cancer. Et pour ne rien améliorer, une grande partie d'entre eux sont déjà consanguins.
La plupart des rats, même venant d'un particulier, ont au moins des origines consanguines car en élevage industriel ou dans les animaleries les frères et les sœurs rattouillots sont souvent laissés ensemble assez tard, pour pouvoir s'entrecroiser. Ainsi même si vous avez acheté votre ratte pas enceinte, elle a de bonne chances d'être issue de deux frères et sœurs. Quand vous prenez chez un éleveur amateur, il a logiquement fait correctement son croisement, mais le recul en élevage amateur est très faible, alors nous travaillons avec des rats d'élevage et d'animalerie au moins au début. Enfin, comme si tout cela ne suffisait pas.... Quand il s'agit de rat de couleurs particulières, les lignées sont encore plus consanguines, car il a fallu créer les lignées à partir de l'apparition d'un caractère. Ainsi un nouveau type de rat est souvent très consanguin, donc a une santé, voire un comportement, pas terribles jusqu'à ce qu'il se soit répandu, et donc que l'équilibre de la diversité soit rétabli, chacun y allant de sa portée avec un rat d'une autre lignée.

Faut-il donc bannir complètement la consanguinité? Non bien sûr, la consanguinité fait partie du processus de sélection et il n'est pas possible sur le long terme de créer des lignées santé ou caractère sans elle (si on rajoute sans cesse des nouveaux gènes pas moyen de fixer une tendance, il faut un minimum d'homogénéité pour fixer le bon comme le mauvais!) , ni de maintenir les types de rats particuliers (ils sont presque tous récessifs!). Simplement avant d'en faire trop rapidement il faut rebrasser les gènes de nos rats et pratiquer la sélection à la place de la nature (donc éliminer les faibles de la reproduction). Quand on a un peu de recul sur une famille on peut se permettre des croisements consanguins si on évite de les faire trop directs (parent/enfant).
La consanguinité est parfois utilisée pour "traquer" les problèmes génétiques récessifs graves. En faisant des portées directement consanguines entre les petits d'une portée et leur parent, on peut faire ressortir des gènes particuliers, et donc éliminer de la reproduction les enfants qui le portent (ça permet de continuer la lignée en étant sur de ne pas y introduire de porteur du défaut). Bien qu'idéale quand on connaît ou soupçonne la présence d'un gène grave dans une famille, cette méthode est difficilement applicable dans les élevages familiale (parce beaucoup de portées d'un coup, et selon le problème assumer les conséquences chez tout les petits atteints, voir garder tout les rats issus de ses portées si le problème se déclare pas lors de l'enfance du rat - pas évident de faire adopter un ratton qui a une chance sur deux de mourir d'un coup à six mois par exemple...). Donc généralement quand on connaît ou soupçonne un tel problème et que par ailleurs la famille a des mérites qui valent la peine d'être conservés (bah oui si c'est une famille merdique la question se pose pas, on l'arrête), l'idéal est d'éviter la consanguinité dessus assez longtemps pour le gène se "perde" (il reste toujours une chance que la loterie de la reproduction le conserve dans les deux individus finalement croisés mais si on attend plusieurs générations on passe sur des probabilités infimes proche du risque normal et classique de n'importe quel croisement).

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Comment on "lit" et comprend un code génétique?

Vous croiserez sûrement dans vos errances pour tenter de comprendre, le "génotype" d'une sorte de rat, une sorte de code barbare jamais pareil. Qu'en faire et ça veut dire quoi?

A quoi ça ressemble?
A/- B/- C/- D/- G/- M/- P/- pe/pe R/- Sd/-
 

Et ça veut dire?
Ben celui ci veut dire "rat agouti" ;0).
Bon en gros les lettres vont par paires, comme? Les deux exemplaires d'un gène : 1 sur chaque chromosome de chaque paire de chromosome, tout simplement!
Les différentes paires de lettre représentent les différents gènes connus qui codent pour la couleur du poil. La composition du code vous donne ainsi les éléments qui indiquent de quel couleur le rat est au final, mais également s'il est porteur d'autre gène de couleur qui ne se voit pas. 
 

Bon et pour lire ce beans?
Les règles de cette notation sont les suivantes : les gènes dominants se notent en majuscule, les récessifs en minuscule, et quand on connaît que un des deux gènes de la paire parce qu'on connaît pas les parents du rat et que cela ne peut pas se trouver en fonction de sa couleur on met un tiret.
Lettre majuscule : gène dominant
Lettre minuscule : gène récessif
Tiret (-) : inconnu
Concrètement si votre rat est agouti ou d'une couleur de base agouti, il a obligatoirement dans sa première paire de lettre : A, et ensuite si vous connaissez pas les parents ben vous mettez un tiret (donc ça donne A/-), et si vous savez par exemple qu'un des deux parents étaient noir, alors il a obligatoirement un gène "noir" qui se note a, car il est récessif devant l'agouti (et ça se note A/a).
C'est la même logique qui régit les différentes autres paires de lettre et quand on connaît les couleurs à laquelle elles correspondent et comment chacune interagie avec l'autre on peut savoir la couleur du rat. 
Pour lire complètement ces codes il faut la  Liste des gènes d'aspect (récapitulatif des gènes existants, lettre correspondante et rapport de dominance.
Pour avoir d'un coup d'œil la correspondance code/aspect : Tables couleurs/génotype. 
 

Pourquoi le code n'est pas toujours complet, ou qu'il y a plus de paire des fois?
Cette notation ne comprend pas tout les gènes qui peuvent agir sur l'aspect du rat, dans celui donné en exemple rien de vient vous parler d'un marquage éventuel, ou de si le rat est dumbo. C'est une question de commodité et d'avancé des connaissance. Il n'est pas nécessaire par exemple d'avoir toutes ses lettres pour connaître l'aspect du rat à chaque fois, certaine paire ne jouant que si les deux gènes sont récessifs. Et quand on ne connaît pas bien le fonctionnement de certaine mutation, elles héritent souvent d'une paire de lettre rien que pour elles, mais on ne l'a met que si on y a affaire.
Le code tel que celui donné dans l'exemple est un peu le "code de base" juste pour la couleur.
 

Pourquoi presque tout les lettres de l'exemple sont en majuscules?
A votre avis? ;0)
La plupart des types de rat sortant du rat de 'type naturel' (l'agouti) sont des types récessifs! C'est pour ça qu'il faut deux gènes pour qu'ils s'expriment! Le gène 'par défaut' est donc lui dominant!
 

La paire pe/pe apparaît souvent et toujours en récessif?
Le gène Pe est celui de la couleur pearl. Il est dominant, et létal durant la vie utérine en homozygote (si les deux paires de chromosomes le portent sous sa forme dominante). La plupart des rats ne le portent pas donc on note pe/pe forme récessive et ça change rien à la couleur. Sinon quand on a affaire aux pearls et porteurs pearls on a affaire à Pe/pe, les petits Pe/Pe étant mort avant même de naître. Comme le pearl ne s'exprime pas avec toute les combinaisons de couleurs, il est intéressant de toujours avoir cette paire même si elle apporte rarement d'information, elle permet de savoir si on risque ou non d'obtenir la combinaison létale.
 

Bon et l'utilité finale dans tout ça?
Ben en gros ce code est l'équivalent de mes petits points de couleurs dans le tableau qui permet de calculer le résultat d'une portée! Ainsi si le rat est A/a, il va transmettre à ses enfants soit A, soit a! Maintenant vous comprenez pourquoi ces petits tableaux de résultat peuvent devenir très complexe! Mais je vous rassure vous avez rarement à vous soucier de toute les lettres!! Par exemple si vous voulez obtenir un rat "cannelle", vous regardez le code à obtenir :  c'est A/- m/m. lL reste compte mais la logique fait que vous ne devez normalement pas trop avoir à vous en soucier! Donc il vous faut au niveau parent A/- -/m, et -/- -/m au minimum. Traduit en français, il vous faut un parent qui amène l'agouti, et les deux doivent amener le mink au moins en tant que porteur!
Le reste du code est pas des masses importants, mais bon selon ce qu'il contient il peut quand même intervenir dans votre manip, donc faut jeter un coup d'œil, puis faire simple ;0). C'est pas pour rien que même si on calcule sa portée avec art, les surprises existent toujours!
 

Et pour les infos autres que la couleur?
Les marquages sont encore un domaines méconnus, ils sont donc rarement indiqués dans le code. Ca marche donc surtout pour la couleur, et aussi pour la couleur des yeux, car les deux sont liés!

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C'est quoi les bases de couleurs, les couleurs composés, les dilutions etc.?

Pour finir et avant de vous envoyer fouiller les articles par couleur pour trouver votre code, je revient sur quelques termes que vous croiserez souvent! Une approche plus complète sur la couleur vous attend dans "les types de rat".

Les couleurs de "base"
Les mutations qui sont apparues chez le rat se font à partir d'un existant et s'exprime en fonction des gènes majeurs déjà en place. On dit qu'une couleur est de base "noir" quand il faut que le rat ait a/a dans son code pour qu'on voit cette couleur sous sa forme première.  Ainsi si une couleur de base noire se trouve en présence d'agouti A/-, soit on ne la voit pas, soit elle apparaît différemment.
L'exemple qui sauve : le mink est une couleur de base noire. Pour avoir un rat mink il faut que sa première paire soit : a/a. Si la première paire c'est A/a, ben on obtient pas du mink, mais du cannelle (qui du coup est une couleur de base agouti!)

Les couleurs "composés"
Les deux grandes "bases" c'est l'agouti et le noir. Quand une couleur est de base agoutie les poils sont de différentes couleurs et panachés comme l'est l'agouti et le ventre est plus claire, quand elle est de base noir les poils sont plus uniformes et le ventre est de même couleur (sauf marquage ventral, bien sûr). En gros couleur composé = couleur de base agouti, couleur uni= couleur de base noir.
 

Les dilutions
Les dilutions sont un problème plus complexe. Il s'agit de gène dont la présence va modifier la couleur en place. C'est le cas du siamois. Elles donnent des résultats différents selon la couleur qui va être modifié. Il faut donc préciser quand un rat est "siamois", la couleur qui a subit la dilution. C'est pour ça qu'on dit "siamois" base bleu, base noir, etc...

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Exemple de calcul de portée

Maintenant que vous avez tout compris, vous êtes une bête du calcul de portée. Nous allons donc directement passer à un exercice un peu compliqué (mais franchement pas insurmontable non plus ;-) ).

Les données du problème :
Raoul est un charmant rat male, siamois seal point. Il est le fils d'un rat bleu et d'une rate noire. 
Raoulette, sa fiancée, est une non moins charmante femelle bleu agouti. Elle est la fille d'un siamois et d'une ratte bleue.

Que peut-on espérer de cette portée ?

Rappels de base :
Le gène agouti présente 2 allèles : A, dominant, donne de l'agouti. a, récessif donne du noir
Le gène albinos présente 3 allèles : C, dominant, donne du normal. ch, récessif, donne du siamois. c, récessif, donne de l'albinos.
Le gène bleu présente 2 allèles : D, dominant, donne du normal. d, récessif, donne du bleu.

Ces trois gènes sont des gènes simples, indépendants entre eux.

Etape 1 : le génotype de Raoul
Raoul est siamois. Donc déjà, on sait qu'il est obligatoirement homozygote siamois : ch/ch.
Papa est bleu, maman est noire. Donc Raoul est de base noire, comme eux : a/a. Puisque papa est bleu, il a forcément transmis un gène bleu à Raoul. Mais Raoul n'est pas blue point, donc sa mère ne lui en a pas transmis un autre. Il est donc porteur bleu : D/d.
Le génotype de Raoul est a/a D/d ch/ch

Etape 2 : le génotype de Raoulette
Raoulette est bleu agouti. Donc déjà, on sait qu'elle est obligatoirement homozygote bleu : d/d. On sait donc aussi qu'elle porte au moins un gène agouti.
Papa est siamois, donc Raoulette a forcément hérité d'un allèle ch de son père. Comme elle n'est pas siamoise, elle est obligatoirement C/ch (porteur siamois)
Sa mère est bleue, elle a donc forcément transmis un gène bleu à Raoulette. 
De plus elle a obligatoirement transmis un allèle noir, puisqu'elle est de base noire. Mais Raoulette n'est pas de base noire, elle est bleu agouti. Donc son père lui a forcément transmis un gène agouti. Son génotype pour le gène agouti est donc A/a, agouti porteur noir (NB : le père est donc siamois seal point, de base agoutie).
Enfin, Raoulette est bleu agouti. Elle a donc 2 allèles bleu, d/d. Le premier lui vient de sa mère qui est bleue. Le second lui vient forcément de son père (NB : le père est donc aussi porteur bleu).
Le génotype complet de Raoulette, pour autant qu'on puisse le savoir actuellement, est donc A/a d/d C/ch.

Etape 3a : La méthode des gamètes
A ce point, on peut déterminer les divers types de gamètes de Raoul et de Raoulette. chacun va transmettre au hasard un seul gène de chaque père à chacun de ses enfants.
Par exemple, Raoul est donc a/a D/d ch/ch. pour le gène agouti, il ne peut transmettre que le a. Pour le gène bleu, il peut transmettre soit le D, soit le d. Pour le gène albinos, il peut transmettre uniquement le ch.
Raoul peut donc avoir 2 types de spermatozoïdes seulement :
1. a D ch
2. a d ch

Raoulette, elle peut avoir 4 types d'ovules; elle ne peut transmettre que le d, mais par contre elle a deux possibilités différentes pour l'agouti, et deux possibilités pour l'albinos :
3. A d C
4.
A d ch
5. a d C
6. a d ch

On peut dès lors effectuer les combinaisons de gamètes. Le spermatozoïde 1 peut rencontrer 4 ovules différents, le spermatozoïde 2 pareil. On a donc 8 possibilités. La probabilité pour chacune d'elles est de 1/8, donc 12,5% :

  ovule 3
(A d C)
ovule 4
(A d ch)
ovule 5
(a d C)
ovule 6
(a d ch)
spermatozoïde 1 
(a D ch)
A/a D/d C/ch
Agouti, porteur noir et bleu et siamois
A/a D/d ch/ch
Siamois (agouti), porteur bleu
a/a D/d C/ch
Noir, porteur bleu et siamois
a/a D/d ch/ch
Siamois (noir), porteur bleu
spermatozoïde 2 
(a d ch)
A/a d/d C/ch
Bleu agouti, porteur siamois
A/a d/d ch/ch
Siamois bleu agouti
a/a d/d C/ch
Bleu, porteur siamois
a/a d/d ch/ch
Siamois bleu

25% siamois, 12,5 % agouti, 12,5 % noir, 12,5 % bleu, 12,5 % bleu agouti, 12,5 % siamois bleu, 12,5 % siamois bleu agouti = 100%, ouf, c'est juste :-P

Etape 3b : La méthode des tables de Punett simples (gène par gène)
Il est assez délicat de manier directement tous les gènes en même temps. Il peut donc être plus simple de faire la démarche inverse : on regarde ce qui va arriver à chaque gène, et ensuite on recombine le tout.

Pour ça, on utilise la méthode des tables de Punett, une méthode très simple qui permet de calculer immédiatement tous les cas de figure pour un gène simple. On place les gènes de papa et ceux de maman respectivement en colonne et en ligne. Dans les cases vides, on écrit la combinaison : ça nous donne le résultat de la fusion des gamètes pour ce gène...

A a
a A/a a/a
a A/a a/a

La table du gène agouti

d d
D D/d D/d
d d/d d/d

La table du gène bleu

C ch
ch C/ch ch/ch
ch C/ch ch/ch

La table du gène albinos

Pour le gène agouti, on a la moitié des petits qui sera agouti, l'autre moitié sera noire. Pour le bleu pareil (moitié bleu, moitié porteur bleu), pour le siamois pareil (moitié siamois, moitié porteur siamois).

Ca nous donne donc 50 d'agoutis porteurs noir. La moitié de ces 50% d'agoutis (ce qui donne 1/4, donc 25%) est aussi bleue, l'autre moitié porteur bleu.
Ca nous donne donc 50 de noirs. La moitié de ces 50% de noirs (ce qui donne 1/4, donc 25%) est aussi bleue, l'autre moitié porteur bleu.

Pour le moment, on a 1/4 d'agouti porteur bleu, 1/4 de bleu agouti, 1/4 de noir porteur bleu, 1/4 de bleu.

Mais on a aussi la moitié de tous les petits qui sera siamois, l'autre sera porteur siamois.
Ca donne donc la moitié du 1/4 de agoutis porteurs bleus sera aussi siamois (donc 1/8 de siamois de base agoutie, porteurs bleu), l'autre moitié sera porteur siamois. Et on fait pareil pour chaque quart.

On trouve donc : 12,5% de siamois de base agouti, porteurs bleu ; 12,5% d'agoutis porteurs bleu et siamois ; 12,5% de siamois bleu agouti ; 12,5% de bleus agoutis porteurs siamois ; 12,5% siamois de base noire porteurs bleu ; 12,5% de noirs porteurs siamois et bleu; 12,5% de siamois bleus, 12,5% de bleus porteurs siamois.

Ô joie, c'est le même résultat qu'avec l'autre méthode :-)


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