Lorsque l'on souhaite reproduire des animaux domestique, en l'occurrence des rats, on se heurte à la notion de sélection. Ce terme a une connotation parfois négative, avec des relents d'eugénisme, d'apprenti sorcier, etc. Mais c'est un outil indispensable quand on souhaite maintenir la qualité des animaux au fil des générations, voire l'améliorer.

Afin de bien comprendre cette page, il vous faudra obligatoirement maîtriser les notions de base de génétique. Pour cela, assurez-vous d'avoir lu et assimilé toutes les pages de la section génétique. Attention, la sélection est un domaine immense, auquel sont consacrés de très nombreux ouvrages. Il existe de nombreuses "écoles", parfois contradictoires. Nous allons essayer de présenter une partie de ce que nous considérons comme indispensable pour tout éleveur de rat domestique à l'heure actuelle (en 2007, donc, car les idées évoluent rapidement dans ce domaine comme d'autres).

Les différents points abordés :

La sélection humaine s'appuie globalement sur les mêmes indices que la sélection naturelle : la viabilité et la fécondité. Cependant, elle ne les approche généralement pas de la même manière. La sélection humaine va compléter et en partie remplacer la sélection naturelle. 

Une grande différence entre ces deux forces de l'évolution tient dans le cadre où elles s'appliquent. La sélection naturelle s'applique surtout dans les milieux sauvages, qu'ils soient modifiés par l'homme ou pas. La sélection humaine s'applique en milieu domestique, et plus précisément dans le cadre du foyer, pour ce qui est des rats (dans le cadre de la ferme pour les vaches, etc.). Donc pas d'aléas alimentaires, climatiques, pas de prédation, pas de nécessité de défendre un territoire ou un harem de femelles... Par contre, les rats évoluent alors en interaction avec l'homme.
En outre, la sélection naturelle s'intéresse uniquement à la multiplication maximale de l'espèce, et pas à l'individu lui même. Chaque espèce mise donc sur un équilibre entre durée de vie et fécondité. Dans le cas des rats sauvages, la fécondité prime largement sur la durée de vie, en terme de stratégies d'adaptation. L'homme, de son coté, va généralement nettement plus loin. Il souhaite favoriser un certain nombre de caractères qui n'influent pas (en conditions domestiques) sur la durée de vie, ni sur la fertilité, comme la forme des oreilles, la couleur, etc. contrôler la part du hasard.

On peut considérer, sur un plan philosophique, que le rat domestique s'adapte progressivement à son nouvel environnement et aux pressions évolutives spécifiques qu'il exerce. Ainsi, la couleur bleue ou l'absence de fourrure deviennent des avantages, et non plus des handicaps, car ils sont favorisés par la principale pression évolutive de ce nouveau milieu : l'homme.
Alors que dans la Nature l'agouti est très largement majoritaire, le rex et le nu pratiquement absents, la tendance s'inverse en partie en milieu domestique. Dans ce nouveau type de milieu la sélection naturelle va donc favoriser les dumbos, les bleus, etc. au détriment des agoutis lisses... Au fil des générations rat sauvage et rat domestique s'éloignent donc progressivement, à cause des phénomènes d'insularité, mais surtout à cause de la sélection humaine, dont les critères sont très éloignés (et souvent opposés) de ceux de la sélection naturelle. Le rat suit ainsi le chemin du chien : difficile de reconnaître son ancêtre sauvage quand on regarde un caniche ou un mâtin de Naples !!!

A partir de maintenant, on se placera donc exclusivement dans le cadre du milieu domestique et des rats domestiques, même si les rats sauvages interviendront à nouveau ici ou là.

Régimes de reproduction :

Reproduction contrôlée
Lorsque l'homme intervient, il choisit les reproducteurs. Il n'y a plus de hasard. Par exemple, les agoutis se reproduisent uniquement avec les agoutis et les noirs avec les noirs. Lorsqu'un gène se retrouve sous une forme homozygote dans une famille, il est dit fixé : en effet les descendants en hériteront forcément sous sa forme homozygote, aussi longtemps qu'il n'y aura pas de brassage sur ce gène.
Il est bien évident que de cette façon les gènes récessifs que l'homme souhaite sélectionner vont se multiplier très rapidement : en ne reproduisant que des rats homozygotes ou porteurs, il élimine les rats non porteurs du gène en question. Cependant, en favorisant des animaux présentant un caractère commun, donc généralement apparentés, l'homme augmente le taux de consanguinité.

Le choix des reproducteurs, la façon dont l'homme modifie la structure génétique de la population en diminuant la part de la reproduction aléatoire, c'est ça la sélection.
Entendons-nous bien : la sélection ne crée rien. Par définition, elle sélectionne ce qui existe déjà, qu'il soit visible ou caché. L'amélioration d'un caractère par la sélection a donc des limites, surtout quand il s'agit d'un gène simple. Et si l'on attend qu'apparaisse une mutation favorable, on risque d'attendre longtemps !

Par conséquent, il est vital de choisir attentivement ses reproducteurs. Surtout dans le cas d'une reproduction consanguine, l'erreur ne pardonne pas : la consanguinité va fixer de façon directe des gènes "positifs", ceux que l'on sélectionne, mais aussi des gènes négatifs, de façon indirecte, en augmentant la fréquence des homozygotes. La consanguinité entraîne l'apparition de toutes sortes de défauts : diminution de la taille, baisse de fertilité, faible résistance aux maladies, malformations, problèmes neurologiques (comportement, perte d'acuité des sens, etc.)...
C'est pourquoi l'homme se substitue à la Nature pour effectuer une sélection, sous diverses formes, la principale étant la sélection des reproducteurs. L'objectif est très simple : à partir de leurs caractéristiques et de celles de leurs ancêtres, les reproducteurs sont choisis de façon à fixer certains gènes "positifs" et éradiquer certains gènes "négatifs". Il s'agit donc d'une double sélection, positive et négative, la seconde contrebalançant les conséquences involontaires de la première.

Notion de généalogie :

Les deux types d'arbres, ascendant et descendant, ont leur intérêt propre. L'arbres descendant permet de visualiser rapidement l'ensemble d'une lignée. Chez le rat il peut être un peu encombrant, étant donné la taille moyenne des portées... Mais il permet d'identifier visuellement les branches à problèmes, et d'en identifier la source probable.
L'arbre ascendant permet de visualiser la structure parentale de l'individu, et notamment d'identifier les gènes qu'il est susceptible de porter. Il permet aussi de visualiser les niveaux de consanguinité. Prenons l'exemple de RLL Grabulon :

On constate 2 types de consanguinité : des couples d'ancêtres en commun, Magrat x Dumbledore et Mumiah x Glaz, et une consanguinité Mère x Fils. La portée Grabule x Lord Black Ader avait donc pour but (entre autres) de renforcer les aspects positifs issus de Mumiah x Glaz et Magrat x Dumbledore, tout en évitant de renforcer la consanguinité sur Paprika, qui est suspectée de porter un gène récessif létal.

Méthodes de sélection :

La sélection est une méthode de reproduction. Il s'agit de choisir à l'intérieur d'une population des animaux reproducteurs (un male et une femelle) dont les caractères utilitaires et/ou ornementaux doivent être perpétués. Il s'agit pour l'éleveur de choisir parmi les animaux qu'il possède ou qui sont disponibles dans son environnement ceux qui seront à l'origine des générations futures.

                        Sélection phénotypique ou massale :
Le choix des reproducteurs se fait après jugement de leurs caractères extérieurs. Il s'agit le plus souvent de rechercher la beauté esthétique, mais parfois également d'autres caractéristiques, plus ou moins objectives.

Attention, le phénotype ne reflète pas toujours le génotype, pour plusieurs raisons. tout d'abord, la génétique est soumise à des facteurs externes. Même si le rat possède bien le gène désiré, on n'est pas certain qu'il l'exprimera. Inversement, il peut porter un gène indésirable sans que cela soit visible.
En outre, il est difficile de déterminer avec certitude ce qui est ou n'est pas héréditaire, que les caractères concernent le physique (taille, morphologie), la santé (tumeurs, abcès, durée de vie), ou le comportement (morsures, stress). Tous ces critères peuvent avoir une origine génétique, mais ce n'est généralement pas le cas : ce sont presque tous avant tout des caractères acquis !

                        Sélection généalogique :
Elle se fait par la connaissance de l'ascendance directe (parents, grands-parents) et de ses collatéraux (frères, soeurs...). Son efficacité n'est réelle que s'il existe une bonne corrélation entre le phénotype et la génétique, ce qui n'est pas toujours le cas. Cette étude se fait au moyen de l'arbre généalogique, mais aussi par une enquête auprès des éleveurs d'origine des ancêtres, et éventuellement des adoptants des collatéraux si l'on souhaite pousser l'investigation plus loin.

Cette méthode présente une plus grande précision que la sélection massale simple, mais elle se heurte quand même aux mêmes problèmes. Sur des populations limitées on ne peut guère se fier aux statistiques pour déterminer ce qui est ou n'est pas une caractéristique familiale. Par exemple, si une tante de l'un des reproducteurs a développé une tumeur mammaire à l'âge de 20 mois, il est impossible d'en déduire quoi que ce soit concernant le risque de transmission d'une sensibilité aux tumeurs mammaires via ce reproducteur.

                        Sélection génotypique :
C'est la sélection sur la descendance (et non sur l'ascendance). On juge de la valeur d'un reproducteur d'après la qualité de ses descendants.
Lors du lancement d'un élevage, la sélection n'est que phénotypique, et éventuellement généalogique, puisque l'on ne dispose que de la génération F0. Puis, lorsque le nombre de descendants est suffisant, en comparant les caractères physiques et psychiques, il est possible d'envisager une sélection "génotypique" en conservant pour la reproduction les familles dont les performances, les qualités sont les meilleures.
Évidemment chez le rat les reproducteurs de la génération F0 ne sont plus disponibles quand on a suffisamment de recul. En fait on considère chaque portée comme étant un seul individu : on considère que chaque rat de la portée entre A et B a hérité des caractéristiques communes à l'ensemble de la portée. Au bout de 3 générations la situation peut être très embrouillée, et il est alors utile de réaliser un arbre généalogique descendant, qui part non pas du reproducteur, mais du premier ancêtre de la lignée.

Attention, ce type d'arbre est extrêmement encombrant : si chaque portée n'est suivie que de 3 nouvelles portées de 10 ratons, ce qui est une petite moyenne, la génération F4 comptera 270 rats ! Sur cet exemple, j'ai coloré en vert les rats appartenant à la lignée, c'est à dire tous les rats qui descendent du couple fondateur. Cela permet de repérer du premier coup d'oeil les rats qui nous concernent directement. L'idéal est de réaliser cet arbre, ou plutôt cet ensemble d'arbres, avec plusieurs systèmes de couleurs :

• le premier met en évidence les rats appartenant à la lignée,
• le second identifie les noeuds de consanguinité, c'est à dire que l'on utilise une couleur par couple qui apparaît plus d'une fois (voir le schéma précédent)
• le troisième identifie les problèmes possibles. On peut colorer en vert les très bons rats, en jaune les rats plutôt mauvais, et en rouge les gros problèmes pouvant justifier l'arrêt d'une lignée. On peut aussi colorer de façon différente les différents types de problèmes (comportement en violet, santé en jaune, tumeurs en bleu, etc.)

Ce troisième type est le plus important pour le choix des lignées. Il est préférable d'en réaliser deux différents. Le premier avec tous les individus permet d'évaluer la qualité générale. Le second ne présente que des portée et non des individus. Cela permet d'identifier des "branches pourries" qu'il convient d'élaguer avant qu'elles ne contaminent l'ensemble.

Voici un exemple. En vert les portées qui ont donné pleine satisfaction, en jaune les portées médiocres, en orange les portées à problèmes.
La branche issue de la portée F1-1 présente 5 portées médiocres et 4 bonnes portées à la génération F3. Ces rats peuvent être reproduits, certes, mais on est loin derrière la portée F1-2.
La portée F1-3 a donné satisfaction. Les portées suivantes aussi. Mais la troisième génération met en évidence un souci : 5 portées à problèmes, 2 portées médiocres, et seulement 2 portées correctes.
Le bilan est simple : les rats issus de la portée F1-2 sont a priori de bons reproducteurs, ceux issus de la portée F1-1 sont moins intéressants, même si on peut leur accorder le bénéfice du doute, et ceux de la portée F1-3 ne doivent pas être reproduits.

Plus il y a de générations plus les branches à problèmes vont apparaître de façon évidente.

                        Les outils du sélectionneur :

Le sélectionneur peut pratiquer sa sélection plusieurs manières, plus ou moins radicales. L'objectif est de favoriser la reproduction de certains individus, appelés reproducteurs, et de défavoriser la reproduction de certains autres, dits non-reproducteurs. Ces outils peuvent être regroupés en plusieurs ensembles :

Méthodes physiques :

• séparation des sexes : évident pour tout propriétaire de rats domestiques. Le préalable à toute sélection, c'est déjà de savoir qui se reproduit avec qui
• sélection des géniteurs : presque aussi évident, il s'agit de choisir un male et une femelle, qui seront les reproducteurs, et de les présenter lors des chaleurs de la femelle, ou de les faire vivre ensemble. Pour des raisons de sécurité et dans le but de n'avoir qu'une seule portée, en général le mâle et la femelle ne se rencontrent que pour la saillie, ou au pire cohabitent pendant quelques jours si l'on ne parvient à pas à observer de saillie correcte.

Réglementation à l'adoption :

• identification des reproducteurs potentiels : la politique de sélection de l'éleveur peut le pousser à identifier dans chaque portée des individus susceptibles d'être reproduits, tandis que les autres seront interdits à la reproduction.
• autorisation de reproduction : de la même façon l'éleveur peut exiger qu'une autorisation lui soit demandée avant qu'un reproducteur potentiel ne devienne un reproducteur tout court.
• limitation du nombre de portées : L'éleveur peut imposer à ses adoptants de ne pas pratiquer plus d'un certain nombre de portées par reproducteur (en général 2 ou 3).

Ces méthodes ont généralement pour but de limiter la consanguinité en limitant le nombre de rats produits par famille. En réalité l'effet obtenu est exactement inverse. En effet, nous avons vu dans l'article sur la consanguinité que frères et soeurs ont en moyenne 50% de leurs gènes en commun à peine. Et d'un rat à l'autre les combinaisons de gènes sont différentes. Par conséquent, 6 portées avec 6 frères ou soeurs différents auront un patrimoine génétique beaucoup plus étendu que 6 portées avec seulement 2 frères et soeurs.
Cela implique que l'on perd plus facilement l'ensemble de la lignée si on limite le nombre de reproducteurs potentiels si le choix n'était pas le bon. Si l'on reprend le dernier schéma, si il n'y avait eu que deux reproducteurs par portée au lieu de trois on aurait pu perdre la lignée centrale, qui au final est la seule réellement intéressante.

Dans le but de limiter la consanguinité ce n'est donc pas une méthode très efficace. Cette méthode revient finalement surtout à limiter l'expansion d'un gène dit "rare". Si une lignée est bonne, pourquoi ne pas la diffuser au maximum, au risque d'augmenter la consanguinité ? Et si elle n'est pas bonne, alors pourquoi la reproduire ? A l'inverse, en limitant le nombre de reproductions on augmente les chances de pouvoir effectivement arrêter la lignée si elle présente un problème. En effet, même en les choisissant soigneusement, près d'un adoptant sur vingt ne respecte pas les interdits de reproduction, volontairement, par négligence ou par accident. Plus il y a d'adoptants, plus on risque de tomber sur un mauvais cas.

Méthodes physiologiques :

• castration : les non-reproducteurs sont castrés au sevrage. Surtout pratiquée chez chiens et chats, cette méthode est parfois employée par certains éleveurs, au mépris des risques encourus par le rat lors de l'opération. il existe également des méthodes de castration chimique, mais pour le moment elles semblent être encore plus dangereuses que la castration physique. L'idée c'est que les adoptants ne respectent régulièrement pas les interdits de reproduction, de façon plus ou moins accidentelle, et qu'une fois le rat castré le problème est réglé. Un des soucis, en dehors du risque de l'opération, c'est que la castration précoce modifie un certain nombre de choses. Impossible de savoir si la lignée est agressive hormonale, si elle est sensibles aux tumeurs hormono-dépendantes, etc.
• culling : les non-reproducteurs sont tués à la naissance ou au sevrage. Cette méthode est de moins en moins pratiquée dans les pays anglo-saxons, et n'a jamais été officiellement pratiquée en France, fort heureusement. Elle entraîne aujourd'hui le bannissement immédiat dans de nombreuses sociétés d'amateurs.

Autres méthodes :

• rehoming : Lorsque le reproducteur s'est effectivement reproduit il est replacé dans une nouvelle famille. Certains trouvent cette pratique normale et responsable. Nous considérons que l'éleveur est censé aimer ses animaux, surtout s'il choisit de les reproduire, ce qui semble impliquer qu'ils ont des qualités particulières, et nous ne comprenons pas qu'ils puissent s'en débarrasser quand il a fini de s'en servir. Pour nous les rats sont avant tout des animaux familiers, pas seulement des étalons.
• Boa constrictor : le premier rat qui mord, qui est malade, qui n'a pas un beau poil, va discuter avec le Boa. Similaire au culling, en moins idiot (puisqu'au moins le rat ne finit pas dans la poubelle, mais au moins sert à quelque chose), cette méthode n'est pas non plus acceptable de notre point de vue. C'est la méthode de base de tout éleveur de reptiles. Elle est relativement efficace, à sa façon.

Structures des lignées : races, lignées consanguines, etc.

On parle souvent à tort de lignée chez le rat. On devrait plutôt parler de filiation ou de descendants. En effet, l'élevage en lignées est une méthode de sélection particulière qui fait directement appel à la consanguinité. Cette méthode n'est actuellement pas répandue en France. Les anglo-saxons utilisent souvent une méthode mixte, alternant brassage, lignée et lignée consanguine.

Notion de race

Les races sont bien plus que de simples lignées. Et pourtant l'home se garde consciencieusement de trop tirer la corde sur le plan de la consanguinité. Par exemple, chez la vache "Prim' Holstein", en 1998, le taux de consanguinité moyen de la race était évalué à 4,4% en 1998, ce qui est relativement faible. Une "vraie" race met de nombreuses générations à s'établir. En effet, les membres d'une race sont à la fois semblables entre eux et distincts des autres membres de l'espèce.
La notion de race est cependant encore plus floue que la notion d'espèce. En effet elle est fortement connotée, et la subjectivité des uns et des autres vient compliquer son utilisation.

En effet le mot "race" a pour certains un arrière goût d'eugénisme, de fascisme, de Ku-Klux-Klan, etc.

Pour d'autres au contraire, c'est un idéal à atteindre le plus vite possible. Chez le chat par exemple la notion de race est ridiculement galvaudée. Il suffit parfois d'un seul gène pour décrire une race (le gène "yeux bleus" dominant du "Ojos Azules"). Le chien ou la vache sont des exemples beaucoup plus cohérents. En effet une race est constituée d'un ensemble de caractéristiques, pas seulement physiques. Ce qui fait que l'on ne peut pas produire d'animal d'une race donnée à partir d'un "bâtard" (hybride entre un membre de la race et un individu non membre de la race), même si les descendants peuvent ressembler physiquement, plus ou moins, à la race.

Il n'existe donc pas de race chez le rat domestique.

Ce mode de reproduction implique que le critère de base est que les reproducteurs ne soient pas apparentés, ou très peu. En France, à l'heure actuelle, la plupart des ratteries essaient de diminuer le taux de consanguinité. On considère que le coefficient de parenté entre les deux reproducteurs, pour que l'on entre dans cette catégorie, doit être inférieur ou égal à 1/32. Cela correspond à un des arrières grands-parents en commun pour les deux, ou deux grands-parents cousins germains, etc.
Cependant la plupart des ratteries françaises n'hésitent pas à reproduire des rats plus apparentés (jusqu'aux cousins au second degré) si leurs lignées sont bien connues et de bonne qualité.

Notion de lignée

• Consanguinité maximale : lignée "incestueuse"

C'est tout simplement l'accouplement entre frères et sœurs, ou entre parents directs (cases attenantes dans un arbre généalogique). C'est le cas de figure où la consanguinité atteint les taux le plus élevés, puisque le coefficient de parenté entre les reproducteurs n'est jamais inférieur à 25%, et l'objectif à terme est de rester à plus de 50%. Évidemment on arrive à une fixation extrêmement rapide des caractères des deux parents fondateurs.

Mais on obtient aussi très rapidement les problèmes liés à la consanguinité. C'est pourquoi l'inceste est proscrit dans la plupart des sociétés, et c'est pourquoi la nature met en place certaines mesures dans le but de le limiter : maturités sexuelles décalées ou postérieures au sevrage (séparation de la portée), par exemple.

Ce type de lignée est relativement répandue dans les lignées de laboratoires et dans les lignées pour reptiles, mais très peu dans le monde du rat domestique. Au bout de 20 générations de reproduction consanguine on obtient une lignée dite "pure", c'est à dire complètement homogène pour presque tous les chromosomes (sauf les chromosomes sexuels).

• Élevage en lignée

L'élevage en lignée en lignée fait appel à des accouplements grand-père/petite-fille, oncle/nièce, etc. Le coefficient de parenté est cette fois compris entre 2% et 12% environ. Plus la parenté est proche, plus rapidement on mettra en évidence tel ou tel trait récessif et héréditaire, afin de le renforcer ou au contraire de l'éliminer en interrompant cette branche de la lignée (ce qui implique d'avoir conservé d'autres branches).
Ce faisant on augmente la "pureté" de la lignée, qu'on peut lier directement à son taux d'homozygotie. L'évolution est plus progressive que dans le cas des reproductions consanguines.

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