Le rat domestique est victime de 3 principaux virus. Ils ne sont pas forcément mortels en eux mêmes, mais peuvent parfois, associés à divers agents pathogènes, causer la mort d'un rat en quelques heures. Ces virus sont le sujet de nombreuses paniques pas toujours justifiées chez les propriétaires de rats. C'est pourquoi il est important de bien les connaître.
Le texte suivant est en très grande partie inspiré de la Gazette de RMCA (Rat & Mouse Club of America) et du site Ratguide

1. Le SDA

SDA = SialéDacryoAdenitis Virus (sialo- = salivaire; dacryo- = lacrimal; adénite = inflammation des glandes et nodules lymphatiques). il s'agit d'un corona virus (virus à ARN)

Résumé des symptômes : Gonflement du cou et des nodules cervicaux. Yeux protubérants. Éventuellement : écoulements de porphyrine, saignements, décoloration des tissus autour des yeux. Apparitions de symptômes liés aux infections secondaires : éternuements, oedème pulmonaire, perte de poids et d'appétit, etc.

Description : Le SDA est un virus très contagieux qui, si il n'est pas mortel lui-même affaiblit le système immunitaire et ouvre ainsi la porte aux infections secondaires. il peut -être véhiculé par l'air et n'importe quel support infecté (la peau, les vêtements, les cages, la litière, etc.).
Les premiers symptômes (porphyrine) apparaissent dès 5 jours. Le gonflement et les problèmes respiratoires apparaissent plutôt au bout de 7/8 jours. Il reste actif 7 à 10 jours puis disparaît.
Dans un groupe de rats, il se maintient en passant d'un rat à un autre (y compris par le biais des portées), ce qui peut prolonger indéfiniment la durée de présence du virus dans la colonie. Bien entendu, cette durée n'est valable que pour le virus lui même, les surinfections éventuelles ne guérissant pas avec la disparition du SDA. De plus ce type de maladie peut laisser des lésions irréversibles du système respiratoire ou des yeux. Dans ce cas le rat aura des symptômes toute sa vie, bien qu'il ne soit pas réellement malade. On dit alors qu'il est "chronique".

Tous les rats infectés ne présentent pas obligatoirement de symptômes visibles. Cependant, certains symptômes sont typiques du SDA :

• le rat présente généralement une inflammation des glandes salivaires parotides et submaxillaires (et éventuellement des nodules cervicaux) pouvant aboutir à la nécrose des tissus. Le résultat est un cou à l'aspect anormalement enflé ("goître");

• un peu moins fréquemment, le rat présente une inflammation des glandes lacrymales, qui gonflent et exercent une pression sous et derrière l'oeil. Cela peut se manifester sous plusieurs formes : oeil gonflé, canal lacrymal apparent, lacérations, sécrétion de porphyrine, saignements, infection des yeux ou des tissus voisins, torsion de la tête due à une trop grande sensibilité à la lumière;

• aux précédents s'associent généralement les symptômes des surinfections, et notamment les surinfections dues à Mycoplasma pulmonis (mycoplasmose) : éternuements, liquide dans les poumons, porphyrine, perte de l'appétit et de la soif, perte de poids, léthargie, détresse respiratoire.

Le seul moyen de déterminer avec certitude si votre colonie a été infectée ou non par le SDA est de pratiquer un test ELISA.

Traitement :

Le SDA est une maladie auto-limitante, qui disparaîtra d'elle-même au bout de 7/10 jours. Grâce à la production d'anticorps, le rat sera par la suite immunisé contre cette souche particulière de SDA, pendant une durée variable, en général quelques mois. Cela ne l'empêchera pas de retomber malade aussitôt, si il est contaminé par une autre souche de SDA...

Le traitement consiste en une application d'antibiotiques à large spectre, pour essayer d'éviter les surinfections. Pour les yeux, un antibiotique local et une hydratation de la cornée peuvent être nécessaires. Cependant il est bien évident que seul un vétérinaire peut établir le diagnostic et le traitement.
Les rats malades doivent être installés dans un endroit propre, calme, sans courant d'air, à l'abri des lumières trop violentes. On leur proposera un chauffage par bouillotte, nappe chauffante, lampe, etc., comme pour le réveil post-opératoire. 
La nourriture et la boisson seront adaptés aux besoin d'un animal malade (attention, n'oubliez pas que le rat doit aussi boire ses antibiotiques si ils sont dans la pipette). 
Ceci devrait permettre de limiter les dégâts.

Prévention :

La prévention est le point le plus important concernant tout type d'épidémie. Maintenir vos rats en bonne santé est votre responsabilité. Quel que soit le type de contamination, vous êtes le seul coupable si les règles de prévention n'ont pas été respectées, vous ne pourrez pas tenir pour responsable la personne qui vous a amené la contamination. Évidement, ces règles ne garantissent pas d'échapper à toutes les épidémies. 
Ce n'est pas un problème de confiance entre vous et la personne dont vous gardez les rats ou chez qui vous adoptez. Il est tout à fait possible que n'ayant pas de surinfection ou de symptôme évident elle ne s'en rende pas compte, qu'elle ne connaisse pas la maladie, ou même qu'elle ne soit pas honnête envers vous.
Enfin, le SDA était peut-être en train d'incuber chez cette personne sans qu'elle le sache. En effet, pendant cette première phase de l'épidémie il n'y a aucun symptôme, mais les rats sont contagieux, et la personne peut contaminer les autres élevages sans le savoir, alors que ses rats sont encore tous en très bonne santé.

Le seul moyen d'éviter une épidémie est de refuser l'entrée de votre élevage à tout rat ou toute personne ayant manipulé des rats au cours des heures précédentes.
Le SDA peut survivre 3h en dehors de son hôte. Il peut être détruit immédiatement par n'importe quel détergent ou solvant des lipides, ou par 30 minutes à 60°C.
La quarantaine est le meilleur moyen de se protéger contre les virus du rat. Pour les généralités sur la quarantaine, voir l'article spécifique. Dans le cas du SDA, il y a plusieurs cas de figure :

Dans le cas de l'arrivée d'un nouveau rat, la quarantaine doit être au minimum de 2 semaines. Dans le cas d'un groupe de rat, le minimum passe à 3 semaines. Cette quarantaine doit être recommencée à partir de zéro si ce rat (ou groupe de rats) tombe malade, et ce à partir du moment où il est complètement guéri.
Ce virus étant transmissible par l'air, une quarantaine à l'intérieur d'une même habitation sera probablement inefficace.
La désinfection des mains et des vêtements après toute manipulation peut limiter les risques, mais il est quand même préférable d'attendre plusieurs heures après avoir manipulé le rat en quarantaine avant d'entrer dans  l'élevage principal.

La quarantaine après une épidémie : Dans tous les cas la quarantaine débute à partir de la fin de l'épidémie, c'est à dire quand il n'y a plus aucun rat malade. Pour un rat seul, la quarantaine minimale est de 2 semaines. Pour un groupe de rats, la quarantaine doit durer 6 à 8 semaines (ou plus, bien sûr). Dans un élevage, la quarantaine débute lorsque les bébés sont sevrés et qu'ils ne montrent plus aucun symptôme. 

Les cas à haut risque : Certaines situations augmentent sensiblement les risques de contamination. La quarantaine est alors nécessaire, et lorsque c'est possible ces situations doivent être évitées si l'on veut éviter tout risque de contamination. 
Ces situations sont : les rencontres avec rats (concours, principalement), prendre des rats de plusieurs origines en même temps, visites de la raterie avec des rats étrangers, visites de personnes qui ont été en contact avec d'autres rats, adoption de rats de refuge, achat de rats en animalerie, manipulation de rats dans les animaleries ou chez d'autres personnes, exposition aux rats sauvages, sauvetage de rats et d'autres animaux, reproduction pendant la période de quarantaine (la quarantaine doit alors repartir de zéro au sevrage des petits).

Le SDA et la reproduction : L'éleveur est responsable de ses reproductions. Toute reproduction doit être arrêtée pendant la quarantaine, qui durera pendant une période de 6 à 8 semaines après le sevrage de la dernière portée. Si une portée a lieu pendant la quarantaine, elle va perpétuer l'épidémie à partir des jeunes. 
Les adoptant et les autres éleveurs doivent évidemment être prévenus de l'épidémie dès qu'elle est identifiée. 

2. Les autres virus : le  Sendaï et le KRV

                        1. Le Sendaï

Le Sendaï est un virus qui touche en premier lieu les jeunes souris. Cependant, il peut affecter plusieurs espèces de mammifères. Parmi celles-ci, le rat, les hamsters, le cochon d'inde et quelques autres. Le Sendaï est un virus à ARN (paramyxovirus-parainfluenza type 1 virus). Il n'existe pas de traitement contre ce virus, qui est très contagieux et présente un taux de mortalité très important pour toutes les espèces sensibles.

Les symptômes se déclarent à partir de 48h après l'infection : poil rêche, perte de poids, respiration laborieuse, raclements, et taux de mortalité très élevé. Les adultes peuvent mettre 2 mois à se remettre de la maladie.
Ce virus reste présent à l'état latent. Un animal qui a été infecté peut donc rester contagieux toute sa vie (mais le virus peut aussi atteindre un seuil non contagieux ou même disparaître). Le mode de contagion est mal connu.
Cette maladie est bien entendu rare et est pratiquement absente chez les amateurs.

                        2. Le KRV

Le Kilham Rat Virus et les autres parvovirus du rat interviennent principalement au niveau des embryons. Ce virus est donc invisible, lorsqu'il est présent dans un groupe de rats, sauf par des portées réduites ou absentes. Il peut cependant parfois affecter des rats adultes. Dans ce cas il provoque une ataxie et/ou une perte d'équilibre et de coordination, une jaunisse, des problèmes de croissance.

En général, le KRV ne provoque qu'une baisse de la fertilité, il sera donc considéré comme une maladie de moindre importance.

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