Le texte suivant est en très grande partie inspiré de la Gazette de RMCA (Rat & Mouse Club of America) et du site Ratguide

La quarantaine semble souvent être accessoire, voire inutile. "Je fais confiance à l'éleveur", par exemple, est une des principales causes de contamination...
En effet, comme tout le monde, cet éleveur a parfois des rats qui tombent malades. Qu'est ce qui vous garantit, donc, que le rat que vous venez d'adopter ou que vous avez en garde n'est pas en train d'incuber une maladie qui ne se déclarera que dans une semaine, ou plus ? Si c'est le cas, qu'est ce que l'éleveur aurait pu y faire, puisqu'il n'y avait aucun symptôme ?
Croire qu'un éleveur sérieux ne peut pas contaminer ses adoptants est aussi idiot que croire que vos rats ne tomberont jamais malades. 
C'est pourquoi vous êtes seul responsable de la santé de vos animaux. Si ils sont contaminés, même par des rats de quelqu'un d'autre, c'est que vous n'avez pas respecté la quarantaine adéquate.

Malheureusement, c'est souvent plus facile à dire qu'à faire, comme vous allez pouvoir en juger ci-dessous...

1. Qu'est ce qu'une quarantaine ? Généralités

Historiquement, les navires suspectés de véhiculer une maladie contagieuses étaient obligés de mouiller au large pendant 40 jours avant de pouvoir débarquer. 
La quarantaine est une période d'observation, qui permet aux maladies éventuellement présentes de se développer et de disparaître. Le but est évidemment d'empêcher qu'une maladie infectieuse venue de l'extérieur ne se propage à l'ensemble de la colonie.

La quarantaine peut être inexistante à très rigoureuse, selon les besoins. elle est cependant particulièrement importante lorsqu'il y a reproduction. En effet, non seulement les jeunes seront infectés par la maladie, mais ils vont ensuite contaminer les rats des adoptants, entraînant une propagation rapide de la maladie. C'est aussi valable pour les échanges de reproducteurs, les gardes de vacances, etc.

NB : D'autres animaux peuvent porter ou véhiculer des maladies qui touchent aussi le rat, en particulier les mycoses comme la teigne. N'oubliez pas les chiens, chats, lapins et autres, ainsi que l'homme bien entendu,  dans votre protocole de quarantaine...

2. Durée de la quarantaine

Le minimum absolu est de 15 jours. Une quarantaine d'une durée inférieure n'est pas une quarantaine, mais une période d'observation pour déceler les maladies déjà déclarées, ce qui n'est pas tout à fait la même chose.

15 jours suffisent à écarter de nombreuses maladies lorsque la quarantaine concerne un seul individu (nouveau venu, retour d'une exposition de rats, prêt de reproducteur, garde, adoption, etc.). Cela permet de se prémunir contre certains virus comme le Sendai et le SDA, les principales infections bactériennes, les parasites externes (gale, puces, poux). 
En cas d'infection observée, pour les parasites externes, la quarantaine dure généralement 3 semaines à partir du premier jour de traitement (ce dernier inclue le rat mais aussi son environnement: cage, lieux de sorties, etc.).
Attention, une quarantaine de 15 jours ne permet pas d'échapper aux contaminations par le KRV ou le bacille CAR, qui ne présentent pas nécessairement de symptômes visibles.

Si un traitement doit avoir lieu, une nouvelle quarantaine de 15 jours minimum sera mise en place après le traitement, dès que tous les symptômes auront disparu.

3. En cas d'épidémie

Pendant une maladie aucun rat ne doit sortir ni entrer, et ceci pour l'ensemble de la colonie, y compris les groupes supposés sains, les jeunes, etc. 

La quarantaine post-infection commence à partir du moment ou :

• les rats ne montrent plus de symptômes de la maladie.

• le traitement est terminé (il pourrait parfois cacher les symptômes)

• il n'y a aucune reproduction en cours (ni gestation, ni accouplement, ni allaitement)

• tous les rats nés ou conçus pendant la quarantaine sont sevrés et sains

Sa durée est fonction de la maladie, mais aussi de la taille de la population concernée. Si un individu peut être en quarantaine pour 10 jours seulement pour certaines maladies, un groupe doit généralement être mis an quarantaine au moins 6 semaines, voire plus. voici les durées minimales et moyennes en fonction des maladies, pour une colonie de rat de taille moyenne (2 à 50 individus) :

• SDA : 30 jours strict minimum. 2 mois est toutefois une durée présentant une meilleure garantie (la durée de vie du virus est limitée).

• KRV : 60 à 90 jours, avec désinfection draconienne (le virus est très persistant).

• sendai : comme le SDA : 30 jours strict minimum, 2 mois idéalement.

• Bacille CAR : persistant, la quarantaine n'éliminera pas l'agent pathogène.

• Mycoplasma pulmonis : persistant, la quarantaine n'éliminera pas l'agent pathogène.

• Clostridium piliforme (maladie de Tyzzer) : plus ou moins persistant (quelques semaines pour la forme active, jusqu'à 6 mois pour les spores)

4. Méthode